长峰智希是就读于风见坂学园的2年生。因为父母在海外工作的关系，而寄住在了青梅竹马深菜川夕阳的家里，每日过着平稳的校园生活。图书委员会的工作和在夕阳家经营的咖啡店“夕颜亭”中帮忙成了放学后的必修功课。
某日。智希暗恋的前辈兼图书会委员长绫瀬纱雪向其推荐了一本书，于是智希来到了坐落于商业街边的旧书店“风铃堂”。 果然如智希所料，和冷清的店面一样，店内也是潮气扑鼻，脏乎乎的书架上放着积满灰尘的书。
虽说如此，但是就算现在就调头离开的话，心情也不会好转，于是开始寻找自己所需的那本书。在四处张望之时，无意中发现了一本书。这是一本书脊上写着“your diary”字样的旧书。智希不可思议地被这本书所吸引，顺手拿起，慢慢翻开了封面――
随着迸发出的柔和光芒，一个女孩子随之跃出…… “你是ゆあ的新朋友吗？”随着和这个自称为神的名为ゆあ的不可思议少女的邂逅，智希身边三个女孩子本已停止的命运之轮又开始转动了……
