西元21XX年，是个人类以及拥有人类思考能力的思考型机器人两者和平共存、繁荣的世界。
在这世界上有两个大型组织，分别为处理电子头脑故障的思考型机器人组织非正规品猎人，以及为了应对大规模灾害可迅速处理，以思考型机器人组成的军队仲裁部队。两大组织到目前为止，一直维持着互相合作、协力执行各种任务的友好关[+展开]关系。
某日，空中都市“蔚蓝海滩”遭到巨大非正规品攻击，失速坠毁并造成极大伤亡。当时仲裁部队的人员在场，被怀疑与事件有关。在此情况下，非正规品猎人要求仲裁部队指挥官－－卡尼尔投降接受调查，但遭到卡尼尔以军人的自尊为理由回绝。
在这之后，持有庞大军力的仲裁部队领导者－－将军突然宣布发动军事政变，并占据世界各地。非正规品猎人司令部因此将仲裁部队全体判定为非正规品，命令艾克斯与杰洛出击[-折叠]
