女王的百年密室漫画改编自日本著名推理小说森博嗣的同名作品。2113年的世界。乘著小型飞机迫降於陌生土地上的道流（MICHIRU）与罗伊迪，由於卫星导航器及能源室故障而迷失了方向。然后在某个月亮高悬的夜晚，罗伊迪听见了音乐声。两人循著音乐，邂逅了一位名叫麦卡‧裘克的老人。老人表示前方有座城市，并告诉道流，为了顺利进城，要对守门人说自己是「受神指引而来」与「想见女王」。
城市的名字是露娜堤克城，但使用这个名字的只有居民，外界的人并不知道这座城市的存在，而道流是百年间造访这座城市的第二个人。非但如此，据说这座城市落成以来，尚未有人死亡。道流会见了女王蒂宝‧苏荷。接著，这座城市中发生了一起兇杀案……之后的故事，便在露娜堤克城的历史、女王等居民的由来及祕密，以及道流本身的过去交织之下而展开──以漫画形式来表现森博嗣的小说，更加容易理解。
